北交所和沪深交易所的佣金主要由券商收取，它们最直观的区别在于默认或基础费率水平不同。资料显示，北交所股票的默认交易佣金通常在万分之三左右，有来源指出甚至可能默认达到万八的水平。沪深A股市场的默认佣金标准也普遍在万分之三附近。虽然默认起点看似相近，但在实际操作和可协商的空间上，两者存在区别。一个重要差异在于，北交所佣金的收费方式和具体标准通常由各个券商自行制定，灵活性相对较高，而沪深市场的佣金收费方式则更多地遵循交易所的统一规定框架，这使得券商在制定沪深佣金政策时受到的约束可能更多一些。普遍认为北交所佣金的收费水平普遍高于沪深市场。
造成这种差异的核心原因在于交易成本构成的根本不同。虽然投资者最终支付的是打包后的佣金，但券商成本中包含了需要代收代缴给交易所和监管机构的各项规费。北交所的经手费按成交金额的0.025‰双边收取，这一费率显著高于沪深市场股票经手费的0.00487‰。高昂的底层经手费是北交所整体交易成本高于沪深市场的主要原因。在过户费方面，北交所股票按成交金额的0.025‰双边收取，而沪深市场目前是深市股票按成交金额的0.02‰单边收取，沪市股票则免收过户费。这些基本收费项目的费率和收取方式差异，直接导致了券商运营成本的差异，并最终反映在向投资者提供的佣金费率上。
尽管底层成本有差异，但对于投资者而言，最终的交易成本仍可通过与券商协商来优化。无论是北交所还是沪深交易所，佣金都不是一个固定不变的数值。投资者的资金量、交易频率和资产规模都是与客户经理协商佣金的重要筹码。一个常见的建议是，投资者在开户前应主动联系券商的线上客户经理进行沟通，而不是直接通过券商官网或APP默认流程开户，因为后者开出的账户佣金通常是默认的最高标准，后续调整也较为困难。通过客户经理的专属渠道，投资者有可能申请到远低于默认水平的优惠佣金方案。
除了佣金本身，投资者还需要关注完整的交易手续费构成。无论是北交所还是沪深市场，一次完整的股票交易产生的费用都不仅限于佣金。它通常还包括由国家征收、仅在卖出时收取的印花税，以及按比例收取的过户费。北交所目前暂免征收印花税和证券监管费，而沪深市场卖出股票时需按成交金额的0.05%缴纳印花税。在比较整体交易成本时，需要综合考量所有费用项目，单纯比较佣金费率可能无法反映全貌。对于高频交易者而言，即使比例很小的费率差异，在累积效应下也会对最终收益产生可观影响。
