北交所交易手续费体感更贵，核心原因分为硬性交易所规费标准更高、券商佣金定价独立、市场发展阶段运营成本分摊三个层面，多重因素叠加，造成同等资金交易时，综合成本明显高于沪深主板、创业板，不少投资者对比交割单后都会感受到明显差异。很多投资者误以为是券商单方面加价，实际上交易所统一征收的经手费，是成本差距最关键的源头。
印花税、过户费标准和沪深市场保持一致，无法调整，拉开差距的是双向收取的交易经手费。北交所经手费费率长期高于沪深市场，这笔费用属于交易所刚性收费，所有券商必须代扣上缴，没有减免空间。北交所脱胎于新三板精选层，早期收费体系延续了精选层标准，虽然经过多次下调，但和发展成熟、交易量庞大的沪深市场相比，费率依旧存在差距。沪深交易所日均成交规模巨大，可以依靠庞大的交易量摊薄运营成本，而北交所成立时间较短，整体成交体量更小，需要依靠标准化费用维持交易系统、监管、做市配套等整套市场运营开支。
券商佣金定价模式进一步放大了成本差距。多数券商系统内，北交所佣金与沪深A股佣金相互独立，主板协商好的低佣金，不会自动同步至北交所权限。投资者直接线上开通北交所交易权限，默认佣金普遍偏高，很多人在不知情的情况下长期按照默认费率交易。同时较高的刚性规费，压缩了券商让利空间，想要推出极低的全包佣金难度很大，市场上北交所低全佣方案远少于沪深板块。另外，习惯短线高频交易的投资者，更容易感知成本压力，频繁买卖会不断累积双向手续费，最终侵蚀账面浮盈。
流动性带来的隐性成本，常常被散户忽略，也是大家觉得北交所“交易成本高”的重要原因。北交所上市企业大多属于中小型成长企业，流通盘偏小，叠加五十万资产的准入门槛，参与投资者数量有限，部分个股买卖价差较大。即便单纯对比手续费数值，价差带来的滑点损耗，有时会超过交易手续费本身。想要降低整体成本，投资者一方面可以主动联系券商单独协商北交所专属佣金，另一方面尽量减少频繁短线操作，提高单笔交易资金规模，规避小额交易带来的成本损耗。
